Padre Pio s’est retiré dans un petit couvent de montagne pour mener une vie recueillie et offerte à Dieu. Écarté du monde, il prie pour le monde. La Providence lui impose une croix exceptionnelle : en 1918, ses plaies invisibles de la Passion du Christ deviennent visibles. Sa renommée de sainteté se répand comme une trainée de poudre. À part le P. Benedetto a San Marco in Lamis, son directeur de conscience et ami, les dirigeants de la structure ecclésiastique sont incapables de discerner dans le Padre Pio les signes de Dieu dans l’Histoire. 1
922-1930 Rapport assassin du P. Gemelli, franciscain, recteur de l’Université catholique de Milan, intime du Pape Pie XI dès avant son élection. Concomitamment, Mgr Gagliardi, archevêque de Manfredonia, et cinq prêtres de San Giovanni Rotondo orchestrent des calomnies contre le Padre Pio. C’est une pince à deux mâchoires dont le but est que les fidèles s’éloignent du Padre Pio. C’est la « première période de persécution ».
1959-1964 Dans l’après-Guerre, le scandale du crack Giuffrè fait 25 000 victimes, dont beaucoup d’ecclésiastiques parmi lesquels l’Ordre capucin, qui a fait confiance au banquier. On voudrait donc que l’œuvre du Padre Pio renfloue l’Ordre. D’un autre côté, pour soutenir son œuvre, le Padre Pio a des « Groupes de prière » dont les membres lui envoient régulièrement des petites sommes pour son hôpital. L’Évêque de Padoue, Mgr Bortignon, y voit une « hémorragie » d’argent au détriment du diocèse. En 1959, il déclenche une véritable vindicte contre deux prêtres amis du Padre Pio, qui dirigent les Groupes de prière du diocèse. De nouveau, le diable prend le Padre Pio en tenaille : d’un côté les dirigeants de l’Ordre capucin multiplient les restrictions de tous ordres à l’exercice de son ministère ; de l’autre, Mgr Bortignon, lui aussi capucin d’origine, s’en prend aux sources de financement de l’hôpital.